Il Ministero dell'ambiente e della tutela del territorio, con proprio decreto datato 21 ottobre 2002, ha istituito l'area marina protetta denominata "Isole Pelagie".

L'area protetta, individuata nella cartografia allegata al decreto, è costituita da tre zone:

Zona A di riserva integrale;

Zona B di riserva generale;

Zona C di riserva parziale.

Tra gli obiettivi che si intendono perseguire, oltre alla  protezione ambientale dell'area marina interessata, figurano: la tutela e la valorizzazione delle risorse biologiche e geomorfologiche della zona; la diffusione e la divulgazione della conoscenza dell'ecologia e della biologia degli ambienti marini e costieri dell'area marina protetta e delle peculiari caratteristiche ambientali e geomorfologiche della zona; la promozione di uno sviluppo socio-economico compatibile con la rilevanza naturalistico-paesaggistica dell'area, anche privilegiando attività tradizionali locali già presenti. Nell'ambito dell'azione di promozione di uno sviluppo compatibile con le predette finalità, la disciplina delle attività relative alla canalizzazione dei flussi turistici, alle visite guidate e ai mezzi di trasporto collettivi potrà prevedere che le predette attività vengano svolte prioritariamente o esclusivamente dai cittadini residenti e da imprese aventi sede nel comune ricadente nell'area marina protetta.